O acervo de Ernesto de Sousa tem um reconhecido valor artístico, histórico e cultural, estando em parte sediado nas seguintes instituições:
Biblioteca Nacional: espólio escrito e memorabilia
Arquivo Municipal de Lisboa – Fotográfico: diapositivos, a maior parte relativos a património e arte contemporânea
The Berardo Collection: colecção de cartazes de Ernesto de Sousa
Arquivo de Documentação Fotográfica – DGPC: fotografia das décadas de 40 e 50
Cinemateca Portuguesa – Museu do Cinema / ANIM: filmes e vídeos
Museu de Etnologia: obras de Franklin Vilas Boas Neto da colecção de Ernesto de Sousa
MNAC–Museu do Chiado: obras da autoria de Ernesto de Sousa
Colecção da Secretária de Estado da Cultura: obras da autoria de Ernesto de Sousa
Fundação Calouste Gulbenkian: obras de autoia de Ernesto de Sousa, "Olympia", e de Ernesto de Sousa e Jorge Peixinho, Luiz Vaz 73. Na Biblioteca de Arte da FCG encontram-se vários dossiers que pertenciam ao Acervo.
O restante acervo, em posse da família, é composto por:
Biblioteca: livros de arte, poesia, cinema, teatro, ensaio, filosofia, história, política e ficção; catálogos e revistas de arte (portugueses e estrangeiros).
Fotografia e diapositivos: obras de Ernesto de Sousa ou elementos dos mixed-media por ele organizados.
Registos sonoros: elementos de trabalhos multimédia, entrevistas com Almada Negreiros e mesas redondas, música original da autoria de Jorge Peixinho.
Vídeo e mixed-media: vídeos realizados nos anos 60 e 70, projectos mixed-media enviados a concurso pelos candidatos à Bolsa Ernesto de Sousa (1989-2005).
Acervo documental: dossiers relativos a estudos de Ernesto de Sousa sobre Almada Negreiros e à exposição “Alternativa Zero”, entre outros.
Obras de arte: acervo de obras de artistas das décadas de 40 a 80.
Mail Art e livros de artista.